- Instituto del Agua
- Instituto Andaluz de Ciencias de la Tierra
- Instituto Andaluz de Geofísica y Prevención de Desastres Sísmicos
- Instituto Andaluz Interuniversitario de Criminología
- Instituto de Biopatología y Medicina Regenerativa (IBIMER)
- Instituto de Biotecnología
- Instituto Carlos I de Física Teórica y Computacional
- Instituto de Desarrollo Regional
- Instituto de Neurociencias "Federico Olóriz"
- Instituto de Nutrición y Tecnología de Alimentos
- Instituto Universitario de Estudios de la Mujer
- Instituto Universitario de la Paz y los Conflictos